Las prestaciones de ambos gestores son bastante similares por lo que, optar por uno u otro, depende mucho de las preferencias personales de cada uno. Mendeley tiene más opciones como red social, permitiendo formar grupos y redes de contactos con otros investigadores, en los que poder llevar a cabo discusiones acerca de un tema, además de, compartir anotaciones y comentarios sobre documentos en formato pdf. También, permite la promoción de los trabajos propios, con la creación del perfil de investigador. Dispone de aplicaciones para iPhone, iPod Touch, iPad y Android,  permitiendo mantener sincronizadas todas las versiones, escritorio, web y dispositivos móviles, a diferencia de Endnote, donde esto no es posible. Además, con esta versión institucional de Mendeley se permite  un gran almacenamiento personal (hasta 100 Gb) y un almacenamiento en grupos de trabajo, de hasta 100 miembros, de 100 Gb.

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